SNP基因分型服务

SNP（single nucleotide polymorphism），即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说，一个SNP位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。有些SNP位点还会影响基因的功能，导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据，因此被广泛用于群体遗传学研究（如生物的起源、进化及迁移等方面）和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。与其它分子标记相比，SNP分辨率最高也最为丰富，覆盖基因组范围大，遗传上比较稳定，在人类基因组中，估计平均每1000个碱基对就有1个SNP，估计其总数可达300万个甚至更多，是继微卫星之后的第三代遗传标记。SNP的分布不均匀，非转录序列中要多于转录序列，绝大多数位于蛋白的非编码区。通常情况下是一种二等位基因的变异，多为转换，即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基，或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基，转换与颠换之比为2：1。SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C→T，因为CG中C即胞嘧啶常为甲基化的，自发脱氨后即变为胸腺嘧啶

我公司主要是采用测序法筛查基因突变位点，提供Multiplex SNaPshot 方法进行分型服务。

（一）测序法：

公司拥有成熟的基于DNA 测序的SNP 分析，测序信号强，峰图清晰，能准确分辨各种杂合的SNP类型。对有复杂结构的模板的测序成功率远高于其它测序公司。配合高通量样品处理系统和优秀的PCR设计方案，将为您提供对基因组任何位置和序列分型服务。各种类型的SNP 位点变化如碱基替换、缺失、插入以及纯合、杂合等不同类型的基因型变化在测序图上都可以直接看到，纯合型SNP 位点的测序峰为单一峰型，而杂合型SNP 位点的测序峰为套峰，检测结果直观准确。

技术流程：

1）提取基因组DNA

2）设计引物

3）预实验摸索PCR 扩增条件

4）产物测序

5）确定SNP 分型，包括纯和和杂合信息

测序法检测送样要求

1. 请提供血液、组织或DNA 样品，及准确的基因名称（基因ID）、序列和详细的SNP 位点信息。

2. 血液：样品需用EDTA 抗凝，总量大于1 ml，采集后于－20℃或－80℃保存。

3. 组织：样品可为新鲜组织（最好保存于－80℃）、石蜡包埋的组织或95%乙醇中固定的组织，总量≥100 mg。

4. 基因组DNA：浓度≥50ng/μl，总体积≥20μl。所需样品量根据实验要求做相应调整。

5. PCR 产物：达到实验要求的PCR 产物，浓度≥50ng/μl，总体积≥20μl。

公司承诺：

实验周期：测序法实验周期为4～6 周，具体时间根据SNP 位点/样品数量而定。

提供结果：1. 实验流程；2. 电泳图；3. 测序图谱；4. SNP 分型统计结果

（二）SNaPshot 法：

该技术也是由美国ABI 开发，主要针对中等通量的SNP 分型项目。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR 产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI 测序仪跑胶后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定与该延伸产物对应的SNP 位点。对于PCR 产物模板可通过多重PCR 反应体系获得。利用SNaPshot 检测技术结合高通量样品处理平台，每天的检测通量能够满足中大规模基因分型项目的需要。

SNaPshot 方法特点：

﹡分型准确 直接得到位点的碱基组成，检测结果直观其准确度仅次于直接测序。

﹡多位点同时检测 采用多重单碱基检测技术，每次反应可以检测多达10 个SNP 位点，而RFLP及TaqMan 一次仅能检测一个。

﹡不受SNP 位点多态特性限制 不管该位点是杂合，还是插入或缺失多态，都可以放在一个体系中检测。

﹡可以检测发现受污染的样本 如果一个样本的分型峰谱偏离正常的分布，它可以提示样本可能受到污染或浓度过低。

SNaPshot 方法样品检测要求：

Ⅰ 样品要求

◆ DNA 样品 待检测DNA 样品浓度相对均一，DNA 样品浓度在10 ng/μl-50 ng/μl 之间，体积>20μl，OD 260/280 为1.6～2.0。用双蒸水或者TE 缓冲液溶解，不含PCR 抑制剂。务必注明样品的准确浓度。

为了保证样品质量能够达到SNP 检测的要求，正式实验前我们需要对样品DNA 浓度与质量进行鉴定：对每个样品进行浓度检测并根据检测结果进行浓度调整；随机选取10 个样品，用我们公司已有的高频率SNP 位点所对应的引物进行SNP 分型实验，我们会将DNA 鉴定结果及时告知客户并共同决定是否进入正式实验。

◆ 血液或组织样本 可以用加有EDTA 抗凝剂的真空管采集或枸椽酸钠抗凝，采集后放入-20 度冰箱保存（最好－80℃保存），体积大于1ml。组织最好是新鲜（-80℃保存）或石蜡包埋的组织，也可以是95%乙醇中固定的组织，组织量大于10mg。血液或组织DNA 抽提的费用，每个样本人民币10元。

II 注意事项

1）客户运送样品的时候，应在送样包裹中放置足量的冰袋，以减少的运输过程中因温度变化导致样品变质的可能。

2）客户寄出样品后务必及时与我公司客服部沟通确认，可以e-mail 或者传真的方式告知样品的详细信息，以便我们在收到样品后与客户进行联系确认。

III 客户提供的资料

NCBI 基因登陆号和rs 号或详细的SNP 检测位点及上下游各200 个碱基的基因组DNA 模板序，并注明在此范围内之所有其它SNP 位点。最好能提供待检测SNP 位点在采样人群中的等位基因频率信息。

公司承诺：

1）我们将自收到客户样品之日起3 个工作日内，对客户样品进行核查，核查情况通过e-mail 的形式告知客户。如样品在接受过程中发现异常情况，或经过质检，我们发现样品不符合我们的检测要求，我们都将及时与客户联系，由客户重新提供合格样品。

2）我们深刻体谅客户收集样品的不易，因此我们在提供基因单核苷酸多态性（SNP）服务的过程中，将妥善保管您提交的所有样本和样本信息，以免丢失、缺少、变质或污染，当实验结束后，我们会将所有剩余样本全部退还给您，或按照您的要求妥善处理。

3）公司提供给客户的数据包括：

1、SNPs 统计结果（Execl 表格）。

2、实验过程及其涉及的电泳图、酶切图、测序峰型图。

3、扩增和反应体系所设计的引物序列。

4、客户所需的其他资料。